Los antibióticos eliminan tanto a las bacterias buenas como a las malas en el intestino. Por lo que los médicos pueden recomendar probióticos después de administrar antibióticos, para contribuir a recuperar la salud de su sistema digestivo.
Es uno de los efectos secundarios más frecuentes con la toma de antibióticos, pudiendo ocurrir a cualquier edad y provocado por cualquier antibiótico. El problema es que no solo se trata de un molesto síntoma. Además, tiene prejuicios importantes para nuestra microbiota intestinal, con una significativa disminución de la diversidad bacteriana, que puede tardar bastante tiempo en repoblarse de nuevo.

Según el informe de la OMS de 2018 [2], la cantidad total de antibióticos consumida por los humanos se encuentra muy por encima de las 6500 toneladas anuales (datos de 65 países, China y EE. UU. no están incluidos). Una media de 18 de cada 1000 habitantes consume diariamente una dosis definida de antibióticos, lo que significa que cada día del año se consumen 139 millones de dosis.

En los países desarrollados, hasta la mitad de las recetas de antibióticos pueden considerarse inadecuadas. El consumo innecesario de antibióticos acelera el desarrollo de resistencias, y las cepas multirresistentes de Pseudomonoa aeruginosa, Escherichia coli, Klebsiella pneumonie y Staphylococcus aureus están aumentando. Aunque la mayoría de los tratamientos con antibióticos no producen efectos secundarios inmediatos y evidentes, existe la preocupación de que alteren la composición de la microbiota intestinal y sus funciones. La diarrea postantibióticos es la complicación más común causada por este tipo de tratamientos, y presenta en el 15-25% del os pacientes.

La mayoría de los episodios de diarrea causada por antibióticos son leves y remiten espontáneamente. Sin embargo, un creciente número de casos padecen formas más severas, como la diarrea causada por Clostridium difficile. La desaparición de especies bacterianas sensibles a los antibióticos, favorece el sobrecrecimiento de formas de C. difficile, que produce toxinas que originan el cuadro. Puede producir desde diarrea acuosa, dolor abdominal y fiebre pasando por la colitis pseudomembranosa con megacolon tóxico (dilatación aguda del colon) y sepsis potencialmente mortal. Una microbiota intestinal equilibrada, inhibe el crecimiento de Clostridium difficile y la liberación de sus toxinas.

Los antibióticos provocan efectos dispares en cuanto a la abundancia relativa de las bacterias, según sean sensibles o resistentes. El uso intensivo e inadecuado de antibióticos no solo puede conducir a infecciones resistentes a los antimicrobianos, sino también se encuentra entre las causas del incremento de enfermedades crónicas no
transmisibles.